疱疹性咽峡炎大多由柯萨奇病毒引起， 主要包括 A组2、4、6、9、16、22型，B组1～5型也可致病，但较少见。此外，埃可病毒3、6、9、16、17、25型和肠道病毒70型也可引起本病。
手足口病部分患儿口腔未见疱疹，或口腔部位先出现疱疹，之后再出现手、足、臀等部位的皮疹。
从这个角度来说，疱疹性咽峡炎可认为是手足口病的一种特殊类型，两者鉴别的意义不大。临床上没有出现皮疹而仅有口腔疱疹的，诊断为“疱疹性咽峡炎”，如果在此基础上又出现皮疹，则诊断为“手足口病”。
疱疹性咽峡炎是儿童常见疾病，目前尚无疫苗，也没有特效治疗药物。日常生活中让儿童养成良好的卫生习惯、增强免疫力，可有效预防此类疾病。
1、儿童饭前便后、外出回家后养成先洗手、洗干净手的好习惯。用流动清水及洗手液或肥皂洗手，持续至少20秒；家长或看护人接触儿童前、给婴幼儿更换尿布、处理粪便后均要洗手。
2、婴幼儿的餐具、奶瓶使用前要煮沸或高温消毒；儿童玩具及桌面、地面等及时做好清洁和消毒。
